Σημαντική βελτίωση του ελλείμματος του ΛΑΓΗΕ προβλέπεται με την αλλαγή του τρόπου υπολογισμού του ΕΤΜΕΑΡ (πρώην τέλος ΑΠΕ) , που φέρνει το νέο νομοσχέδιο του ΥΠΕΚΑ για τις ΑΠΕ. Ο υπολογισμός του ΕΤΜΕΑΡ γινόταν μέχρι σήμερα με βάση την σταθερή Οριακή Τιμή Συστήματος και την εγγυημένη τιμή που εισπράττουν οι διάφορες τεχνολογίες ΑΠΕ.
Όσο πιο πολύ ηλεκτρικό ρεύμα παράγεται από τις ΑΠΕ, τόσο μειώνεται η Οριακή Τιμή Συστήματος (ΟΤΣ), αφού το ρεύμα από τις ΑΠΕ δεν λαμβάνεται υπόψη στον υπολογισμό της ΟΤΣ. Το αποτέλεσμα ήταν η Οριακή Τιμή, από το μέσο επίπεδο των 62 ευρώ/MWh το 2012 να πέσει τον Μάρτιο του 2013 στα 40 ευρώ/MWh, ενώ κάποιες ημέρες έφτασε ακόμα και στα 10 ευρώ/MWh!
Έτσι οι προμηθευτές, σήμερα βασικά μόνο η ΔΕΗ, αγοράζουν από τον ΛΑΓΗΕ το ρεύμα από τις ΑΠΕ στην Οριακή Τιμή του Συστήματος, οι παραγωγοί ΑΠΕ πληρώνονται από τον ΛΑΓΗΕ με την εγγυημένη τιμή που έχουν υπογράψει και το έλλειμμα διογκώνεται!. Τη διαφορά πρέπει να την καλύψει ο ΛΑΓΗΕ με τα έσοδα κυρίως από το ΕΤΜΕΑΡ, τις δημοπρασίες ρύπων, το λιγνιτικό τέλος, και μέρος του τέλους ΕΡΤ.
Όμως το ΕΤΜΕΑΡ δεν επηρεάζεται από την Οριακή Τιμή Συστήματος, με αποτέλεσμα η ΔΕΗ να αγοράζει το ρεύμα όλο και πιό φθηνά, να το πουλάει το ίδιο ή όλο και πιό ακριβά και το έλλειμμα του ΛΑΓΗΕ να αυξάνεται όλο και περισσότερο.
Σύμφωνα με το νομοσχέδιο, αντικαθίσταται η Οριακή Τιμή Συστήματος ως σημείο αναφοράς υπολογισμού του τέλους ΕΤΜΕΑΡ με ένα νέο μέγεθος που είναι το συνολικό μεταβλητό κόστος των συμβατικών σταθμών. Συγκεκριμένα, το νομοσχέδιο αναφέρει: «Τα ποσά που καταβάλλουν οι παραγωγοί και οι προμηθευτές στο πλαίσιο του ημερήσιου ενεργειακού προγραμματισμού και της Εκκαθάρισης των Αποκλίσεων παραγωγής – ζήτησης, σύμφωνα με τα οριζόμενα στα άρθρα 20 και 96 και ιδίως στην περίπτωση ιθ) της παραγράφου 2 του άρθρου 96, κατά τρόπον ώστε να αντανακλούν το συνολικό μεταβλητό κόστος των συμβατικών σταθμών και να αναλογούν στην ισχύ που εντάσσεται κατά προτεραιότητα στο σύστημα μεταφοράς και στο δίκτυο διανομής της ηπειρωτικής χώρας και των συνδεδεμένων με αυτά νησιών, με μεθοδολογία που εξειδικεύεται στον Κώδικα Διαχείρισης του Συστήματος».